„Žalgirio“ piramidę sudaro komandos nuo suaugusiųjų vyrų ir moterų iki vaikų.

Profesionali vyrų pagrindinė komanda rungtyniauja Lietuvos čempionate (aukščiausioje lygoje).

Žemesnio lygmens suaugusiųjų futbolo varžybose dalyvauja vyrų dublerinė (B) komanda, vyrų C  (arba U-19) komanda ir moterų komanda.

Jaunimo komandos skirtos išskirtinai žaidėjų tobulėjimui ir ugdymui.

Pirmąjį jaunimo lygmenį sudaro meistriškumo ugdymo etape futbolą 11 prieš 11 žaidžiančios vaikinų komandos (nuo U-19 iki U-17) ir 8 prieš 8 žaidžiančios merginų komandos (nuo WU17 iki WU13).

Žaidimo suvokimo ugdymo etape (nuo U-10 iki U-12) 8 prieš 8, profilio ugdymo etape (nuo U-9 iki U-10) žaidžiama 5 prieš 5 varžybose. Pradiniame etape (U-6 iki U-8) nacionalinės varžybos nevykdomos. Vaikų lygmenyje varžybų rezultatai neskaičiuojami, berniukai ir mergaitės žaidžia mišriose komandose.